提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中国常驻联合国教科文组织代表团举办癸卯兔年春节招待会******
中新社巴黎1月18日电 (记者 李洋)当地时间1月18日晚,中国常驻联合国教科文组织代表团在巴黎举办2023年癸卯兔年春节招待会。
联合国教科文组织总干事特别代表、教科文组织非洲优先与对外关系助理总干事马多戈,中国常驻联合国教科文组织代表杨进,各国常驻教科文组织代表,官员,教科文组织秘书处官员等数百名嘉宾汇聚一堂,欢度中国传统佳节。
此次活动系新冠疫情以来中国首次在联合国教科文组织总部举办新春招待会。杨进在致辞中首先向各位来宾致以新春问候,表示春节是中国的农历新年,系全世界中国人最重要的节日和传统,亦为家人及朋友团聚的日子。他介绍,在中国传统文化中,每个中国新年都由中国十二生肖中的一种动物代表,其中兔位居第四。
杨进表示,在抗击新冠肺炎疫情三年之后,在充满希望的兔年钟声即将敲响之际,中国正在全面恢复开放和发展势头,进一步兑现与世界各国人民携手创造人类美好未来的承诺。
杨进指出,教科文组织是一个有着崇高使命和丰富专业经验的国际大家庭,76年来在推动全球教育、科学、文化、传播和信息交流方面发挥了重要作用。他强调,中国高度重视多年来与各国常驻教科文组织代表团和教科文组织秘书处建立的密切合作和友谊关系。中国愿以兔年来临为契机,与各方加强合作,更好地践行真正的多边主义,共同为教科文组织崇高事业和建设人类繁荣世界贡献力量。
马多戈用中文“新年快乐”对中国兔年春节表达祝福。马多戈表示,经双方共同努力,中国和联合国教科文组织的战略合作每年迈上一个新台阶,并契合了瑞兔的蕴意——长寿、和平、繁荣和善意。马多戈特别感谢中国对全球教育变革的支持,联合国教科文组织促进女童和妇女教育特使彭丽媛教授对全球女童和妇女教育事业的承诺,以及中国积极参与教科文组织应对新冠肺炎疫情方面的开创性项目。他强调教科文组织正在与中国一道推动全球教育发展、保护文化遗产和减缓气候变化,期望国际合作与多边主义能够在新一年为世界、联合国教科文组织和中国带来更多繁荣和希望。
当晚的招待会现场举行了中国传统文艺表演。法国艺术家雷米·阿隆、马特塞林、娜塔莉·米尔还向中国常驻联合国教科文组织代表团赠送了中国春节油画作品。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)